En Bogotá, el día 10 de Setiembre de 2002 y en ocasión del III Seminario Internacional de Filosofía Antigua, se consolidó la idea de formalizar el intercambio académico que ya venía realizándose productivamente entre las diversas universidades latinoamericanas mediante la constitución de una asociación. Los profesores María Isabel Santa-Cruz (Universidad de Buenos Aires – Argentina), Francisco Bravo (Universidad Central de Venezuela), Raúl Gutiérrez (Pontificia Universidad Católica de Perú), Marco Zingano (Universidad de São Paulo – Brasil), Jairo Iván Escobar (Universidad de Antioquia – Colombia), Alfonso Correa (Universidad Nacional de Colombia), Juan Fernando Mejía (Pontificia Universidad Javeriana - Bogotá, Colombia), Luis Alberto Fallas (Universidad de Costa Rica), P. Fabio Ramirez S. J. (Pontificia Universidad Javeriana – Colombia), Luz Gloria Cárdenas (Universidad de Antioquia - Colombia), Franco Alírio Vergara (Pontificia Universidad Javeriana – Colombia), German Melendez (Universidad Nacional de Colombia) y Porfírio Ruiz (Universidad Nacional de Colombia) encabezaron dicha iniciativa. 

En el 2004, durante el V Congreso de Filosofía Antigua organizado por el Instituto de Filosofía de la Universidad de Antioquia (Medellín - Colombia), se llevó adelante la discusión sobre el funcionamiento de la asociación, que pasó también a contar con el apoyo de los profesores Rachel Gazzolla (Pontificia Universidad Católica de São Paulo – Brasil), Graciela Marcos (Universidade de Buenos Aires – Argentina) y Giselle Von der Walde (Universidad de los Andes - Colombia).​

El primer encuentro oficial de la Asociación tuvo lugar nuevamente en Medellín, en el I Encuentro Latinoamericano de Filosofía Antigua en el 2006. Su constitución legal se dió en el 2009, durante el II Encuentro Latinoamericano de Filosofía Antigua en la Universidad de Costa Rica.​

Desde su origen, ALFA ha sido apoyada por algunos investigadores que, aún no siendo latinoamericanos, contribuyeron significativamente para su consolidación: José María Zamora (Universidad Autónoma de Madrid), Antonio Pedro Mesquita (Universidad de Lisboa) y Lívio Rosetti (Universidad de Perugia).

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